Enfatizando la casi completa ruptura entre las formas de gobierno civil y militar, Yoritomo permaneció en Kamakura, y utilizó su cuartel de campo, el bakufu (en japonés, \'gobierno de tienda\'), como núcleo de su nueva administración. En adelante, el feudalismo japonés se desarrolló hasta que fue más fuerte que la administración imperial. Yoritomo nombró guardias y administradores que dirigieran las provincias y los estados hacendados en paralelo con los gobernantes y propietarios oficiales. En 1192 creó el cargo del Seiitaisogún (\'gran general bárbaro dominado\'), por lo general abreviado como sogún, el comandante militar en jefe, con autoridad para actuar contra los enemigos del emperador en cualquier momento. Mediante esta red militar, Yoritomo era ya el dirigente virtual de Japón, así como dirigente titular de su sogunado, ante el que el emperador y su corte carecían de poder. Kamakura se convirtió en sede del poder real, gobierno verdadero, mientras que Kyoto permaneció como la corte titular sin ningún poder.
En 1219, la familia Hojo, mediante una serie de conspiraciones y asesinatos que eliminaron a los herederos Minamoto y a sus seguidores, pasaron a ser los dirigentes militares de Japón. Ningún Hojo fue sogún; en su lugar, la familia nombró sogunes figurados, a veces niños pequeños, mientras un dirigente Hojo gobernaba como shikken (regente), con poder real.
A pesar de la conclusión violenta de la larga paz Heian, el Japón Kamakura fue fértil culturalmente. La trágica caída de los Taira se inmortalizó en una epopeya bélica, el Heike monogatari (\'Los relatos del clan Taira\', c. 1220). La tradición poética clásica quizás alcanzó su punto más alto con la compilación realizada en 1205 del Shin kokinshu (\'Nueva antología de poemas antiguos y modernos\') por Fujiwara Teika bajo el emperador Go-Toba. Las nuevas formas de budismo, especialmente las escuelas de la Tierra Pura y Zen, se extendieron y alcanzaron mayor popularidad que las sectas más antiguas. Las sectas Zen y los dirigentes militares honrados estimularon la escultura vigorosa de Unkei y sus sucesores.