Los ejércitos de los feudos de Satsuma, Choshu y Tosa, que ahora componían las fuerzas imperiales, sometieron a los seguidores de los Tokugawa, poco después aseguraron la Restauración Meiji. El joven emperador, Mutsuhito, recuperó la posición de verdadero dirigente del gobierno y adoptó el nombre de Meiji Tenno (\'gobierno ilustrado\') para designar su reinado, aunque su función principal consistió en actuar como talismán de la soberanía mientras varios dirigentes de Choshu y Satsuma monopolizaron las posiciones ministeriales alrededor del trono que legitimaba la transformación de Japón. La capital real fue transferida a Edo, denominada ahora Tokio (\'capital oriental\'). En 1869, los señores de los grandes clanes de Choshu, Hizen, Satsuma y Tosa rindieron sus feudos al emperador y, después de varias entregas realizadas por otros clanes, un decreto imperial de 1971 abolió todos los feudos y en su lugar creó prefecturas administrativas centralizadas, con los antiguos señores como gobernadores.
Durante este período, Japón logró mantenerse al margen del imperialismo europeo que, en esa época, había engullido a otros países asiáticos. Mediante una imitación concertada de la civilización occidental en todos sus aspectos, se propusieron hacer de Japón una potencia mundial, bajo el lema fukoku kyohei ("enriqueced el país, fortaleced el Ejército"); oficiales franceses se encargaron de la remodelación del Ejército, los marinos británicos reorganizaron la Armada y los ingenieros holandeses supervisaron las nuevas construcciones en las islas. Se enviaron varios especialistas japoneses para analizar los gobiernos extranjeros y para seleccionar sus mejores características que se aplicarían en Japón; se redactó un nuevo código penal a imagen del francés, se estableció un Ministerio de Educación en 1871 para desarrollar un sistema educativo basado en el de Estados Unidos, que fomentaría una ideología nacionalista y la exaltación del emperador a partir del desarrollo del sintoísmo. El país experimentó un rápido crecimiento industrial bajo la supervisión del gobierno. En 1872, se decretó el servicio militar universal y, unos años después, en 1877, un decreto abolió la clase de los samurais, no sin un trágico enfrentamiento entre los soldados y los samurais en Satsuma.
La oligarquía Choshu-Satsuma impuso cambios desde arriba en el sistema político y no fueron el resultado de las demandas políticas del pueblo. El campesinado continuó sufriendo la mayoría de los gravosos impuestos estatales y las revueltas continuaron en el siglo XX. No obstante, se intentó crear un régimen constitucional que reforzara el país y mejorara su situación general. Se organizó un gabinete a imagen del alemán en 1885, con Ito Hirobumi como primer ministro, y se creó un consejo privado en 1888, ambos responsabilidad del emperador. La nueva Constitución, redactada por Ito tras una investigación de las constituciones de Europa y Estados Unidos, se promulgó en 1889 y establecía una Dieta bicameral formada por la Cámara de Pares con 363 miembros y una cámara baja con 463 miembros elegidos por los ciudadanos que pagaban impuestos anuales directos no inferiores a 15 yenes. Se salvaguardaron cuidadosamente los poderes del emperador al que se le permitía promulgar decretos leyes, tener la potestad para declarar la guerra o alcanzar la paz y disolver o suspender la actividad de las cámaras. La Constitución ofrecía más libertad y seguridad a los propietarios que el sistema Tokugawa, además de posibilidades para discusiones políticas, pero no dejó claros los límites del poder ejecutivo. Posteriores ordenanzas confirmaron la importancia de los ministros del Ejército y de la Armada, cuyos titulares debían ser oficiales en servicio, los cuales, de forma paulatina, adquirieron derechos de veto sobre la formación de gabinetes y una gran influencia política.
El Imperio también se embarcó en una política exterior expansiva. En 1879, Japón había tomado las islas Ryukyu, protectorado japonés desde 1609, y las designó como prefectura de la isla de Okinawa. La lucha por el control de Corea fue el siguiente paso en la expansión japonesa. Los conflictos con China en Corea finalizaron en la Guerra Chino-japonesa (1894-1895), en la que las modernizadas fuerzas niponas derrotaron pronto a los chinos. Según los términos del Tratado de Shimonoseki de abril de 1895, China cedía a Japón Taiwan (Formosa) y Pescadores, además de una gran indemnización monetaria. El tratado otorgó la península de Liaodong, en el sur de Dongbei Pingyuan (Manchuria), a Japón, pero la intervención de Rusia, Francia y Alemania obligó a Japón a aceptar una indemnización adicional en su lugar.
El decisivo triunfo japonés indicó al mundo que estaba emergiendo una nueva y fuerte potencia en el Lejano Oriente. Como preliminares para establecer negociaciones de plena igualdad con las grandes potencias, Japón, en 1890, había revisado sus códigos criminal, civil y comercial siguiendo modelos occidentales desde donde demandar la revocación de las cláusulas de extraterritorialidad de sus tratados, lo que se consiguió en 1899. En 1894, Estados Unidos y Gran Bretaña fueron las primeras naciones en reconocer la libertad comercial del Imperio Japonés.